Os benefícios Passe Livre Intermunicipal e Pensão Especial Estadual, estes são realizados pela APAE/JS, por ser uma entidade credenciada a fazer o cadastramento dos beneficiários, emissão de laudos diagnósticos e solicitação das carteiras de passe livre intermunicipal.

O processo passa pelo acolhimento das famílias, seguido de orientação e encaminhamento, este realizado pelo profissional de serviço social da entidade, que compõe a equipe devidamente cadastrada.